第四 ， 药物分类科学合理 ， 有条不紊 。分类的目的是既要体现学科系统 ， 又要方便寻检 。不同于《神农本草经》创立的上中下三品的主观分类法 ， 《本草纲目》的“纲目”重在“物以类从 ， 目随纲举” 。具体又可细分为四：其一 ， 以部为纲 ， 以类为目 。将1892种药物按照自然属性 ， 纲立十六部 ， 目分六十类 。十六部依据“从微至巨”、“从贱至贵”的原则排列 ， 与生物进化学说大致吻合 。这一做法不仅为后世本草所承袭 ， 也为现代动植物分类学者所珍视 。其二 ， 以类为纲 ， 以药为目 。由于药物种类繁多 ， 要分清形状相似药物的性质而辨明其为一物还是二物及其所属类别 ， 远非轻而易举的事 。类纲药目确定后 ， 将近两千种药物便有了具体归属 ， 读者便可“按图索骥”地查寻 。其三 ， 总名为纲 ， 分名为目 。如标粱为纲 ， 而黄粱米、白粱米、青粱米为目 。其四 ， “标名为纲 ， 列事为目” 。即以药物的名称为纲 ， 下列“释名”、“集解”、“修治”、“气味”、“主治”、“发明”、 “正误”、“附方”八个项目(即“事”) ， 内容广泛 ， 叙述精详 。采取纲目分类的原则编排 ， 是当时最先进、最完备的分类方法 ， 也是最容易查检的编排方法 。
当然 ， 《本草纲目》并非白璧无瑕 。
首先 ， 《本草纲目》是一篇综述 ， 李时珍在撰写的时候只是作为一个信息的收集者 ， 把他所能接触到的所有药物都收入其中 。它把有趣的东西统统收罗起来 ， 最后难免又假的在其中 ， 但你只是要编一部合集 ， 没有能力去逐一查证每个东西的真假 。
第二是以现代人的眼光来看《本草纲目》收录了一些现在看来匪夷所思的“药物” ， 如寡妇床头尘土、梁上尘之类 。编写本草书籍 ， 大致有简、繁二途 。清代大部分本草著作 ， 如《本草备要》、《本草从新》等 ， 从《本草纲目》中选择临床常用、疗效肯定的药物 ， 编撰成书 ， 属于从简的写法 。而李时珍则认为 ， 编写本草之书应“不厌详悉” ， “凡经人用者 ， 皆不可遗” ， 因而多方采集 ， 甚至包括一些“有名未用”的 。李时珍之“从繁” ， 有其深意所在 。他曾经在评价陈藏器《本草拾遗》时说：“天地品物无穷 ， 古今隐显亦异 ， 用舍有时 ， 名称或变 ， 岂可以一隅之见 ， 而遽讥多闻哉？”因此 ， “不可以今之不识 ， 便废弃不收” 。
第三就是有些药物性味的说法有误 ， 如说铅粉无毒 ， 现代药理分析为有毒 。
但是许多人借用《本草纲目》中的一些不能被当今社会所接受的东西来嘲讽本草和李时珍 。实属断章取义
李时珍在《本草纲目人部》开头有：《神农本草》 ， 人物惟发 一种 ， 所以别人于物也 。后世方伎之士 ， 至于骨、肉、胆、血 ， 咸称为药 ， 甚哉不仁也 。今于此部凡经人用者 ， 皆不可遗 。
可以推测他本人持着怀疑态度但是还是尽量记载下来了 ， 关于这一点有知觉的朋友们都注意到了 。
所以对于评价《本草纲目》 ， 可以借引鲁迅先生的看法 。上个世纪 ， 鲁迅先生以“令飞”的笔名发表题为《科学史教篇》的论文 ， 在谈到如何正确评价古代社会文化现象时说 ， 评论某一时代的文化现象 ， 不能套用今天的标准 ， 而应当设身处地于当时社会 ， 按照古人的思想 ， 与前代、同时代所达到的水平加以比较 ， 作出的评价才比较合理 。所以说 ， 小疵难掩大醇 ， 也无损于《本草纲目》的崇高形象和社会价值 。中医在今天饱受科学性质疑 ， 但与评价《本草纲目》无关 。不能在李时珍所处的年代要求他具备今天的科学素质 。

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