（2）未被排出的病毒会因吸气产生的吸力，而侵入到咽喉部，咽喉部含有黏液和大量免疫细胞，黏液粘附病毒，使得免疫细胞能够充分与病毒接触，一方面对病毒进行直接吞噬，另一方面免疫细胞通过被激活，释放炎性细胞因子和趋化因子，进一步“招募”免疫细胞进入该部位，从而抑制和攻击病毒；
（3）部分病毒突破咽喉部的防御，进入到气管和支气管，这些管腔表面有一层由纤毛上皮细胞、分泌黏液的杯状细胞以及免疫细胞组成的黏膜，黏膜层的下面为平滑肌层 。当病毒感染上皮细胞时，免疫细胞同时也被激活，释放因子促进杯状细胞分泌黏液，刺激平滑肌的收缩，从而产生咳嗽咳痰症状；
（4）但是，如果病人出现干咳症状，则说明病毒突破气管、支气管部位的防线，侵入到了肺泡，肺泡部位的免疫细胞同样会被激活 。这样，一整套环节中的免疫细胞被激活，释放细胞因子如白介素-1，白介素-6，肿瘤坏死因子等，直接刺激体温调节中枢，导致机体发热 。
另外，病毒入侵肺泡后，如果引起大量肺泡上皮细胞死亡，其释放的死亡物质进一步刺激免疫细胞，引发更强的发热反应，可表现为持续高热 。发热反应其实也属于机体的一种保护机制，一方面，过高温度能够抑制病毒复制，另一方面，温度升高能够增强免疫细胞的防御能力 。
除了发热症状外，本次新型冠状病毒感染，部分病人出现了腹泻等胃肠道症状，这是由于咽喉与食道相连，部分病毒可能通过咽喉部进入到消化道，通过感染肠上皮细胞以及激活肠道免疫反应，产生胃肠道症状 。
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