缺乏科学合理的市场定位 。前期发展中，很多休闲农业的类型和模式高度雷同，针对性不强，没有突出当地特色，特色化建设不明显 。由于休闲农业的消费者大部分是利用节假日和双休日进行休闲消费，这就造成了休闲农业具有淡旺季的周期性特点，而这一特点如果和农业生产周期不一致的话，就会造成农业生产资源的利用率降低，使休闲农业的生产经营成本增加，浪费了资源，破坏了生态平衡，不利于产业的发展 。同时，因为休闲农业的发展前景看好，使很多地方的休闲农业蜂拥发展，发展的内容和方式千篇一律，不能突出“新、特、优”的特点，不能长时间吸引消费者眼球 。
科技水平不高 。经营者认识不到位，没有充分认识到科学技术在休闲农业发展中所起推动的作用 。发展过程中，引进使用先进农业科技的力度不大，使目前的一些休闲农业的科技含量不高 ， 设备、技术、管理相对落后，影响了休闲农业经济的发展质量 。现阶段休闲农业的经营管理者大都是农民 ， 文化水平和科技水平在一定程度上还存在欠缺，主要还是利用传统的农业技术发展休闲农业 ， 发展休闲农业的科学理论不高、没有掌握先进的科学技术，难以适应现代休闲农业发展的要求 。同时，他们的科技、环保以及法制意识还有待提高 。
针对这些发展问题，前瞻认为休闲农业与乡村旅游需要从理念、运营角色、规模以及产品等方面进行升级优化 。
其中，在产品升级方面，品牌化、知识化、体验化、娱乐化、养生化与国际化为主流方向 。
更多相关信息参考前瞻产业研究院发布的《中国休闲农业与乡村旅游市场前瞻与投资战略规划分析报告》 。
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