小龙虾寄生虫多，而且可能含有多种寄生虫 。目前市场上的小龙虾野生的比较少，大多都是淡水中饲养的食用虾，相对野生虾来说，寄生虫的含量相对较低，但由于其饮食杂乱，也含有一定寄生虫，除了外部的污渍中可携带寄生虫，虾头也是含有大量寄生虫 。
由于小龙虾生活水质较差，小龙虾体内多寄生着肺吸虫 。人若是生食或半生不熟地吃了小龙虾，就极有可能感染上这种寄生虫，从而引起肺吸虫病 。小龙虾、螃蟹等水生动物中可能含有多种寄生虫，如生食或未煮熟后食用，可导致感染寄生虫病 。
即使人工养殖的小龙虾，养殖环境不同也会造成小龙虾的差异 。比如，水藻类较多或使用饲料养殖的水体，可能导致小龙虾附着物较多，相比杂质较多 。而且淡水里面仍有各种寄生虫，小龙虾等水生动物可能受到水体感染，含寄生虫，如肺吸虫等 。
烹饪小龙虾时一定要保持高温，高温才能将其体内的细菌或寄生虫杀死 。通常，寄生虫在70摄氏度的温度中，煮至10分钟左右就会死亡 。如果是100摄氏度的高温，杀死寄生虫的时间会更短 。

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