与此同时地方上的情况也丝毫不比京城乐观 。根据当时的地方志记载称“崇祯14年始大名府瘟疫大行 ， 人死十之五六 ， 岁大凶 。广平府大饥疫 ， 人相食 。京师大疫 ， 天津大疫 。河南全省大疫 ， 开封府阳武县死者十九 ， 灭绝者无数 。荣阳 ， 民死不隔户 ， 三月路无人行” 。一家人里面只要有一个人感染了鼠疫 ， 那么这家人基本上就会全部死去 ， 甚至连一个收尸的人都没有 。
各地到处都被死尸堆满 ， 而这些无人处理的尸体又成为了新的传染源 。甚至有找不到食物果腹的饥民开始吃这些尸体 ， 毫无疑问这些行为都加剧了疫情的蔓延 。当时的医生用传统的伤寒法医治鼠疫却始终难以见效 ， 在这种情况下来自江苏吴县的吴有性研究出刺血法给病人治病取得了较为良好的效果 。后来吴有性根据自己治疗鼠疫的经验撰写了《瘟疫论》一书 ， 开我国传染病学研究之先河 。
明末小冰期诱发的旱灾、蝗灾、鼠疫在造成大规模人口死亡的同时也摧毁了明朝的统治基础 ， 不过小冰河期并没随着明朝的灭亡而画上句号 。事实上这次小冰河期一直延续到了清代中期 ， 而且小冰河期的极端气候所影响的也不只是中国：1815~1816年整个北半球的气温普遍下降 。当时欧洲出现了所谓“无夏之年”：一时间广泛的农作物歉收导致欧洲几乎每个国家都出现了粮食骚乱 。
1823年极端气候又在清王朝统治下的中国引发了癸未水灾 。当时直隶、江苏、浙江、安徽、山东、河南、湖北、江西、湖南九省三百多个县受灾严重 。这一年的长江三角洲从阴历二月起就开始普降暴雨 。从那时起直到这一年的九月份大雨只在六月和八月略有间歇 。曾有学者统计癸未水灾造成的损失和救灾费用加起来高达2400万两白银 。这大约相当于当时清政府年财政收入的一半 。

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