根据锚头鳋的不同发展阶段，锚头鳋可分为幼虫、成虫、老虫三种形态(上文也称'3个阶段'亦同)，老虫一般用一次药即可杀灭，但要想彻底消灭池水中的锚头鳋幼虫和成虫 ， 则必须连续下药2次～3次 ， 每次间隔的时间一般为7天，水温升高时，间隔的天数就少；反之亦然 。
池塘用药后，锚头鳋可能会自动地从鱼类的体表脱落，有时会形成孢囊藏落在淤泥中，以回避药物的毒性，一旦药效消失、水温适宜 ， 若干天后又大量繁殖 ， 重新寄生于鱼类的体表 。这可能就是为什么用一次药不能杀灭锚头鳋的首要原因 。
最先治疗和控制锚头鳋病较为有效的药物主要是高锰酸钾和敌百虫，并有人提出了感染锚头鳋痊愈后的鱼体可以获得免疫，其实不然 ， 经过多年的实践中发现 ， 发病后的鱼体第二年仍会或完全可能又发生寄生 。
据陈昌福撰文介绍 ， 潘金培等（1979）比较系统地进行了针对发育各个阶段锚头鳋杀灭药物筛选试验 。
药物杀灭锚头鳋虫卵和幼虫的试验
首先 ， 他们进行了药物杀灭锚头鳋虫卵和幼虫的试验，将从锚头鳋虫体上摘下的卵囊，分别放入盛有浓度为0.5mg/L的优效磷、磷胺、敌百虫、杀螟威、杀虫畏、三硫磷、1‰的食盐溶液中后，定时用解剖镜观察虫卵与幼虫的发育情况 。
试验结果证明：
（l）锚头鳋卵囊在以上7种药物的溶液中均可孵化成无节幼体，说明这些药物并不能杀死锚头鳋的卵囊；
（2）优效磷、磷胺和食盐不能影响孵化出来的锚头鳋幼虫发育，说明这几种药物既不能杀死锚头鳋的卵囊，也不能杀灭其幼虫；
（3）敌百虫、杀螟威、杀虫畏、三硫磷等药物溶液能杀死锚头鳋的幼虫，并且杀灭其幼虫的效果以敌百虫为最好 。
药物杀灭锚头鳋成虫的试验
随后，他们继续对寄生在鱼体上的锚头鳋成虫进行了杀灭药物的筛选 。先后试验了杀螟松、马拉硫磷、西维因、磷胺、二嗪农、辛硫磷、乐果、三氯杀端枫、杀螟威、杀虫咪、硫酸亚铁、杀虫畏、多灭磷、苏果磷、三硫磷、亚胺硫磷、松节油等药物，并采用敌百虫、硫酸亚铁等药物成为敌百虫合剂进行了杀灭寄生在鱼体上锚头鳋的试验 。
试验结果：
则是证明了这些药物对锚头鳋的成虫均没有明显的杀虫效果 。
上述采用药物杀灭幼虫与成虫的试验结果表明：
药物只能杀死尚处于自由生活阶段的锚头鳋的幼虫，而不能杀死已经寄生在鱼体上的成虫 ， 因此 ， 即使将敌百虫作为一种治疗锚头鳋病的有效药物，如果只是采取一次用药的方式给药的话，实质上只是能起到控制锚头鳋病情发展的作用 。
因此，在不同季节采用药物控制鱼类锚头鳋病的不同方法应该是有所不同效果的 。
在夏季治疗鱼类的锚头鳋病时，对养殖池塘泼洒敌百虫溶液，水中的锚头鳋幼虫即可被杀死，可能是由于处于夏季高温季节，寄生在鱼体上的成虫寿命很短，不久即自然脱落 ， 因而使药物治疗得以显示出明显的效果 。
不过，在秋季采用相同的药物治疗鱼类的锚头鳋疾病时，就可能一次用药后的治疗效果不如夏季明显，需要间断施药两次甚至三次，才能取得比较理想的药物治疗效果 。这可能就是因为锚头鳋在秋季水温低一些时的寿命较夏季长一些的缘故 。
另外，有人将苦楝树皮、博落回、仙鹤草、苦参等18种杀虫植物(用于杀灭锚头鳋的无节幼体有效)和高锰酸钾(杀灭锚头鳋成虫有效)杀灭锚头鳋均有一定效果，但必须是较高浓度的药浴浸泡鱼体 。
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